当協会は、1999年7月に環境対策特別委員会を設置し、同年9月に開催した第1回会合において「環境憲章」を策定することを決定した。これを受けて、憲章には海運の特徴を折り込むことに努めること、および当協会全体としての環境対策の推進とともに実施主体である会員会社の取り組みを支援することを基本方針として検討を重ねた結果、2001年1月に採択に至った。
同憲章では、環境問題に対する基本姿勢を「環境理念」として冒頭に掲げ、次に環境保全に関しての具体的な取り組み内容を「行動指針」として列挙している。